港航工程系的前身是 1955 年创办的南京航务工程学校港口与水工建筑物专业和航道整治工程专业，具有丰厚的历史传承和较好的社会认知度。港口航道与海岸工程专业包括河流和海岸地区的选址、规划、设计、开发和保护，河口海岸带区域海堤、跨海大桥、海岸的修复，是服务于航运强国、蓝色国土等国家战略，与智能、生态环保等技术紧密结合的一门应用型交叉学科。
本系培养学生掌握解决港口及航道工程、海岸及近海工程等工程问题的科学技术方法和现代技术手段，在本研究方向上具有系统和较深入的专门知识与技术，具备科学研究能力、创新能力和组织管理能力，成为具备该专业相关工程领域（交通工程、水利工程、海洋工程和土木工程等）的专业知识及相关研究开发能力的领军人才。
主要围绕港口及航道工程、水工建筑物与基础工程、海岸工程及洪涝减灾、水环境与水动力学等方向开展研究，在内河水运工程规划设计与管理、极端条件下河口海岸水动力条件研究等方向具有显著的特色，设有河流海洋研究中心和港航工程实验室。近五年承担了 50 余项科研项目，包括 6 项国家自然科学基金项目，科研总经费近 1500 万元，获省部级或全国性行业科学技术奖6项，在重要行业期刊发表 SCI/EI论文40余篇，授权发明专利10余项。
